A missão de conservar o espólio à sua guarda é assumida pelo Museu Municipal Carlos Reis como primordial, e manifesta-se assumindo rotinas que tem como objectivo essencial controlo sistemático dos factores de degradação.

Nos últimos anos esta instituição levo-o a cabo um considerável investimento nesta área que se traduziu, nomeadamente, na incomparável melhoria das condições de acondicionamento do espólio em reserva, na considerável melhoria das condições de iluminação de alguns núcleos expositivos, e na intervenção de conservação e restauro em obras do espólio do museu. Estas acções têm sido possíveis graças ao esforço realizado no desenvolvimento de parcerias estratégicas, designadamente com o Departamento de Conservação e Restauro do Instituto Politécnico de Tomar, mas também graças à aposta nas oportunidades de financiamento através de programas como o Promuseus ou QREN.