As colecções do Museu Municipal Carlos Reis são constituídas por cerca de 5000 peças, representativas do modo de constituição do fundo antigo da instituição e da política de incorporações posteriormente seguida.

Maioritariamente, as peças foram inclusas na colecção por doação, de particulares, existindo também incorporações resultantes de recolhas do museu, caso das colecções de arqueologia e etnografia e, em menor percentagem, acréscimos resultantes de aquisições e depósitos, caso das colecções de pintura e arte sacra.

As colecções que mais se destacam pela sua história, qualidade e significado são as de Arte Sacra, Arqueologia, Artes Plásticas e Numismática.

Para além, das mesmas o museu possui colecções de Traje, Medalhística, Documentação Gráfica, Fotografia, Etnologia, entre outras.

Provenientes, em maior número, do concelho de Torres Novas, e da sua área de influência, as colecções do museu foram determinantes na planificação e desenvolvimento dos núcleos expositivos permanentes, condicionando também a programação das exposições temporárias da instituição.